En prêt au Trabzonspor, son contrat avec le club turc termine le 26 juillet 2020 soit la fin de la saison. Le milieu de terrain des Lions ne souhaite pas évoluer en Championship.
Lié jusqu’en 2022 avec Stoke City, Badou Ndiaye ne veut plus retourner en Angleterre selon les médias turcs. Il ne veut pas évoluer en Championship. Avec 12 matchs, 1 but et deux passes décisives, il veut rester en Super Lig. Il l’a fait savoir à la direction de Trabzonspor qui est en pleine étude pour les transferts. D’ailleurs des décisions seront prises à la fin de la saison pour la situation de plusieurs joueurs dont Badou Ndiaye (29ans).
Formé à Diambars, il a déjà évolué dans le championnat turc Osmanlispor et Galatasaray, club avec lequel il a remporté le championnat et la coupe de la Turquie (2019).